如果沙眼衣原体感染未经治疗，可以上行感染，常见的是引起急、慢性输卵管炎，子宫内膜炎。输卵管发生炎症后，很有可能引起输卵管管腔阻塞，导致不孕症。

国外有资料报道，至少有20%的盆腔炎由沙眼衣原体引起，并可能因此引起不孕症。如果输卵管炎症引起输卵管的不阻塞，还有导致输卵管妊娠的可能。