精子异常包括精子生成障碍和成熟障碍，为男性不孕症常见的原因。有时虽然精子数量足够，但由于精子不成熟或形态异常而造成精子不能活动，结果不能使卵子受精。正常的精液中也可能有少部分异常的精子，这样也会减少受孕的机会。
　
以下因素均可影响精子的质量和数量：

（一）感染性疾病  如腮腺炎病毒可累及道，引起发炎反应。

（二）内分泌疾病  少部分男性不孕症是由于内分泌异常而引起的。常见的原因是FSH和LH不足而影响雄性激素的分泌和精子的产生。

（三）免疫性疾病  有些男性会产生对抗自己精子的抗体，造成精子的活动率下降或精子凝集（精子头或尾相互连接）而造成不孕。生活环境和生活方式也会影响精子的品质。

（四）生理结构异常  生理结构异常可造成道的阻塞，当精液部分或受阻就会引起不孕。部分异常是先天性或遗传性的缺陷，而另外一些则是由于泌尿系统感染或发炎，所造成道手术后的疤痕形成亦会造成阻塞。精索静脉曲张也可导致精子数量减少。