先天性囊肿为副中肾管退化不全或称前列腺小囊，在正中线融合，膀胱下的正中线附近生成一个很深的憩室或囊肿，开口于前列腺尿道的后方。

后天性囊肿系由坚韧的前列腺基质造成腺泡不全或间断性堵塞，渐渐使腺泡上皮变厚，终至产生滞留性囊肿，当中有寄生虫性囊肿、炎性滞留囊肿和前列腺癌退行性变生成的囊肿等。

后天性囊肿可发生在前列腺的任意一个位置，或突出至膀胱颈部，直径为1～2㎝。囊肿内大多为澄清的液体。较小的囊肿大都没有病状。囊肿稍大时直肠指检于前列腺触及囊肿，尿道造影可见后尿道有弧形压迹，超声与CT可明确其位置，囊肿较大可引发小便次数增多、尿急、小便不顺畅、剩余尿等尿路堵塞病状。直肠指诊可触及前列腺囊性肿块。

前列腺囊肿可并发感染及结石，较大的囊肿可压迫尿道而引发小便费力，多见病状有尿急、小便次数增多、小便吃力、尿线细及尿滞留等。

先天性前列腺囊肿常伴有尿道下裂、隐睾、肾发育不完善等先天性疾病。