手足口病EV71病毒可侵害神经系统，造成一系列重症。出现神经性疾病反应。若患者体质较弱，导致呼吸循环系统衰竭。可能发展得比较快。刚开始时没什么反应，过两个小时后便会识别，口吐粉红色唾液，说明已产生水肿。

病人可并发无菌性或病毒性脑膜炎，症状是发热、头痛、颈直或背痛。其他常见并发症有：脑炎或脑膜炎、肺炎、肺水肿、驰张性麻痹、脊髓灰质炎样肢体瘫痪、过敏性紫癜等，多发生于发病后两天至五天左右。以无菌性脑炎、心肌炎较常见。

手足口病主要表现在皮肤和口腔上，但手足口病并发症引起的病毒感染是全身性的少数病例表现为病毒侵犯心、脑、肾等重要器官的症状，临床上并发心肌炎。

手足口病重症患者会出现头痛、呕吐、精神改变、头围增大、前囟增宽、饱满、四肢肌张力增高、对眼底检查可发现视神经乳头边缘不清，充血，视网膜血管扩张或出血同时出现呼吸节律改变等颅内高压症状和体征时，严密观察病情的变化，密切监护，注意严重并发症，出现颅脑损伤积极降低颅内压、减轻细胞水肿。

手足口病表现在皮肤和口腔上，病毒侵犯心、脑、肾等重要器官。加强对患者的临床监测，如出现高热、白细胞不明原因增高而查不出其他感染灶时，警惕暴发性心肌炎的发生。伴发无菌性脑膜炎时，症状表现为发烧、头痛、颈部僵硬、呕吐、易烦燥、睡眠不安稳等；身体偶尔会发现非特异性红丘疹，甚至点状出血点。

手足口病并发症还表现为引起无菌性脑膜炎，这时的症状有发热、头痛、颈部僵硬、呕吐、容易烦躁、睡觉不安稳等。

身体发育时的手足口病并发症还能发现非特异性的红丘疹，甚至有点状的出血点。

手足口病并发症会侵犯中枢神经系统，可引起脑炎、脑干脑炎，表现为嗜睡、精神萎靡、脑膜刺激症状等，手足口病并发症严重者表现为神经原性肺水肿。