疼痛是肛裂的主要症状。多数病人排便时即感疼痛，排便后有一短暂疼痛减轻的间隙期，随后，出现持续且加剧的疼痛。疼痛的时间长短因肛裂的程度不同而不同，可长达数小时至整日。

其剧烈疼痛的主要原因是由于排粪时肛裂裂口内神经末梢受到刺激，立刻引起肛门内烧痛和刀割样疼痛，从而使得肛门内括约肌痉挛收缩，导致持续性疼痛。然后，随着时间的推移，括约肌渐渐疲乏松弛，疼痛随之减轻，并逐渐消失。这在肛裂疼痛症状中，称之谓“疼痛的一个周期”。

另外，不仅排粪可引起肛裂的剧痛，咳嗽、喷嚏，以及排尿等都可引起这种疼痛周期。