肛瘘的临床表现一般是流脓，脓液的多少和瘘管的长短有较大关系，新生的瘘管流脓较多，新生瘘管分泌的刺激皮肤使人感觉到瘙痒。瘘管内脓液存积，使局部出现脓肿疼痛，有时还出现发热表现。

瘘管疼痛。通畅无炎症时不怎么感觉到疼痛，仅出现局部发胀和不适，行走时加重。当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，便可能引起疼痛。内瘘症状常使患者感到直肠下部和肛门部灼热，排粪时感到疼痛。

瘙痒由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚。肛瘘的多发性，可能会形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，影响到周围脏器。

排便不畅的复杂性，加上肛瘘长时间不愈，引起肛门直肠周围形成大的纤维化瘢痕或环状条索，影响肛门的舒张和闭合，大便时感到困难，有便意不尽感。大部分肛瘘由直肠肛管周围脓肿引起，内口多在齿状线上肛窦处，脓肿自行破溃或切开引流处形成外口，位于肛周皮肤上。

肛门周围的外瘘口不断有少量脓性分泌物排出，刺激周围皮肤，引起瘙痒不适。当外口阻塞或假性愈合，瘘管内脓性液体不能排出，形成脓肿。此时可出现直肠肛管周围脓肿症状，有不同程度的局部红肿、疼痛、发热、身体乏力。脓肿自行破溃或切开引流后，症状慢慢消失。

肛瘘发生在肛门旁边，流脓是明显症状，瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物。较大的高位肛瘘，瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，常有粪便及气体排出。

肛瘘如果形成，不能自愈，拖延不治，这样会造成瘘管复杂化，多次重复发作，脓液穿破管壁顺括约肌间隙蔓延，造成多处多次脓肿，破溃后形成多处肛瘘。多数肛瘘开始时是低位单纯性肛瘘，在外部压力作用下，瘘管中的炎性物质像蚯蚓一样，在肌肉间隙中拱来拱去，拱的范围越大，病变范围就不断扩大及蔓延。

排便不畅。复杂性肛瘘口长时间不愈，引起肛门直肠周围较大的纤维化瘢痕或环状条索，影响肛门舒张和闭合，大便时感觉到困扰，有便意不尽之感。