一般情况下，患有肛瘘的患者表现的症状是肛周流脓，而瘘管的长短不一，流出脓液的多少都不相同。新生瘘管流脓较多，分泌物刺激皮肤引起瘙痒不适，当外口阻塞或假性愈合，瘘管内脓液积存，局部肿胀疼痛、发热，封闭的瘘口破溃，症状才慢慢消失。肛瘘外口流出少量脓性、血性及粘液性分泌物。

较大的高位肛瘘，瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，常有粪便及气体排出。由于分泌物的刺激，使肛门部潮湿、瘙痒。当外口愈合，瘘管中有脓肿形成时，会感觉到疼痛。还伴有发热、寒颤、乏力等身体感染症状，脓肿穿破或切开引流后，症状缓解。

肛瘘患者还会出现疼痛感及肿胀、灼热感、瘙痒等症状。瘘管通畅无炎症时，不感觉到疼痛，仅感到局部发胀和不适，行走时加重。当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，则可能引起疼痛。

内瘘时感到直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时感到疼痛。瘙痒由于脓液不断刺激肛周皮肤，使人感觉到瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生、增厚。

当排便不畅，出现复杂性肛瘘时，则可能使肛门直肠周围形成纤维化瘢痕或环状条索，影响肛门舒张和闭合，大便时感到困难，有便意不尽感。

肛门静脉回流不畅，局部常出现淤血，组织营养不良，影响愈合。瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌常不断收缩与舒张，压近瘘道。影响脓液排出。

硬结或瘢痕由于瘘管壁及瘘口的重复性刺激，使纤维组织增生，在管壁和瘘口形成质韧的结缔组织，表现出瘘管周围皮肤变色，表皮脱落，凹陷变形，触及条索状硬结通向肛门内。