肛瘘由原发性内口﹑继发性外口和瘘管组成。内口为肛周脓肿原发病灶，大多在肛管齿线处的肛窦内，外口是脓肿自然破溃或医生手术切开的刀口久不愈合处，如果肛瘘日久发作，常不止一个外口。内外口之间由瘘管相通，瘘管是脓肿破溃后脓液从外口排出脓腔逐渐闭锁形成的纤维化管道。由于大多数肛瘘内口为一凹陷或肉芽高起，管道一般较细，所以很少有大便从外口排出。

肛瘘的临床表现是局部流脓、久不收口，当外口闭合脓液积聚时会疼痛，或有发热等，由于经常流脓刺激皮肤会出现肛门瘙痒，检查时可触及或探及条索通到直肠。治疗目前以手术为主。

由于肛周脓肿的部位和深浅不同，形成的肛瘘也就有高位和低位之别，低位肛瘘的管道穿越外括约肌浅部以下，手术时损伤此处也不会影响肛门的收缩功能，高位肛瘘其管道在肛管直肠环平面以上，手术时一次切断该环就会肛门失禁。

为了避免发生肛门失禁，深部间隙的肛周脓肿可分期手术，即先切开排脓，不会损伤重要的肌肉，待炎症消退后，形成了高位肛瘘再采用切开挂线法，在处理高位肛瘘时就会尽可能保持肛门的功能，一般不会造成肛门失控。