大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，形成迂曲腔道，引流不畅不易愈合。时间长了，腔道周围有较多疤痕组织，形成慢性感染性管道。

瘙痒 

肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉皮肤瘙痒。肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。

排脓

排脓是肛瘘的主要早期症状。一般来说，新生成的瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色、味臭。瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则说明新瘘管生成。

疼痛 

瘘管通畅无炎症时，一般无疼痛，肛门局部略有肿胀感，行走时可加重。假如外口封闭，瘘管存积脓液，粪便进入瘘管，使疼痛加重或排粪时疼痛加重，而内盲瘘则常感直肠下部和肛门部灼热不适。

流脓液

流脓不绝，长久不收口。一般刚形成的或急性炎症期流脓较多，而且有臭味，色黄而稠，到慢性期后脓水渐少，时有时无，呈间歇性流脓液。有的脓液稀淡或呈米泔水样分泌物，假如脓液已少，而又突然增多，伴有肛门部肿痛，常表示有急性感染或有新的分支形成。

硬结或瘢痕 

由于瘘管壁及瘘口的刺激，使纤维组织增生，在管壁和瘘口形成质韧的结缔组织，表现为瘘管周围皮肤变色，表皮脱落，凹陷变形，触及条索状硬结通向肛门内。

增生

瘘管外口常受炎性分泌物刺激，引起瘘口乳头样结缔组织增生。肛瘘发生初期增生不明显，时间长了便产生乳头样增生出现。

肿痛 

肛瘘的前期有明显肿胀和疼痛，肛瘘畅通时，疼痛明显减轻，仅有局部坠胀感，假如外口自行闭合，脓液积累，局部胀痛明显。有时出现发热等全身症状。

肛门湿痒

肛瘘不断溢出脓液刺激肛门周围皮肤，久了便会出现瘙痒，可引发肛门湿疹。肛门部不能静养，脓腔不易粘合。排粪、排尿时，括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使其常处于痉挛状态。