有器质性的原因，可发生于某些手术后，也有部分病例是由于全身或局部性疾病所致。常见的逆行射精器质因如下：

手术：前列腺增生经尿道电切后，造成的膀航颈部括约肌撕裂、神经损伤，以致括约肌关闭不全。直肠癌或前列腺癌经会阴手术后，由于支配膀胱颈部神经不可避免地受到一定损伤，以致膀优颈部在射精时不能同步收缩。

神经功能异常：双侧腰交感神经切除术后，导致支配膀跳颈部的神经功能异常。

尿道狭窄：某些疾病损伤引起尿道极度狭窄，射精时精液前行受阻，以致逆流入膀胱。