不少人根据的名字认为，支原体、衣原体这些病菌应该是细菌性前列腺炎的病因，而不是非细菌性前列腺炎的发病原因。实际上，这是没有明白细菌性前列腺炎和非细菌性前列腺炎的定义。即使是非细菌性前列腺炎，在前列腺液细菌培养结果中也会有病菌。

关于非细菌性前列腺炎的病因研究较多，但尚无定论。根据对非细菌性前列腺炎病因的探究，认为衣原体和支原体和非细菌性前列腺炎发病有相关联系。

（一）沙眼衣原体

沙眼衣原体是革兰氏阴性菌，具有独特的发育周期， 用普通细菌的培养基难以生长。因此对患者的前列腺液和精液及尿液培养较难找到该菌。对部分慢性非细菌性前列腺炎患者作经直肠穿刺前列腺组织衣原体培养。考虑衣原体可能是慢性非细菌性前列腺炎的致病原，但仍需要进一步核实。

有学者否认衣原体是慢性非细菌性前列腺炎的病原。在前列腺组织中无衣原体检出，而且对前列腺组织的培养亦未见衣原体生长，因此认为不能将衣原体作为慢性非细菌性前列腺炎的直接病原。

（二）解脲支原体

解脲支原体又称T-支原体，首先是从非淋菌性尿道炎患者中的尿道分泌物中分离获得。它是人类尿道常见的寄生菌之一，在特定的环境下可以成为致病菌。与衣原体一样，其在慢性非细菌性前列腺炎中的作用存有争议。