影响药物治疗的因素主要有以下几方面。

(1)解剖因素　位置深在，其分泌物要经前列腺腺管排入尿道，有些前列腺腺管与尿道成直角或斜行进入尿道，分泌物不易排出，尤其在发生感染时，易造成腺管堵塞，因引流不畅而使炎症不易消退。另外，前列腺表面有一层脂质包膜，大多数抗菌药物难以透过包膜进入腺体达到有效抑菌浓度。

(2)液pH值　正常前列腺液pH值比血浆低，有利于脂溶性、非离子型、碱性药物的扩散，尤其是TMP的扩散，使之在前列腺内达到高的有效浓度，当前列腺炎时，前列腺液pH值升高，从而又反弥散到血浆内，使前列腺内的药物浓度比血浆内的低，达不到有效血药浓度，不足以消除腺体内的细菌。

(3)前列腺抗菌因子(PAF)主要是锌，是男性对抗尿道和前列腺感染的保护机制。

(4)免疫因素　健康人前列腺液内有免疫球蛋白G和A，它能结合与消灭相应的抗原，具有保护作用，假如患者免疫机能低下，则易感染或不易处理，易重新发作。